Do najczęstszych przyczyn (czynników ryzyka) wszystkich zdarzeń niepożądanych, w tym również zakażeń szpitalnych, należą
- czynniki ryzyka zależne od pacjenta (np. stan ogólny i powód przyjęcia do szpitala, wcześniejsze hospitalizacje i zabiegi diagnostyczne, wiek, urazy, choroby przewlekłe, alkoholizm);
- czynniki ryzyka zależne od drobnoustroju (właściwości chorobotwórcze) i postaci klinicznej zakażenia (np. zakażenia miejsca operowanego, zapalenie płuc, zakażenie układu moczowego);
- czynniki ryzyka zależne od personelu (brak znajomości obowiązujących standardów i procedur, nieprzestrzeganie zasad organizacji pracy, brak kwalifikacji i umiejętności, przeciążenie pracą i niedofinansowanie, zły obieg informacji, brak staranności w wykonywaniu podstawowych czynności lekarskich/pielęgniarskich);
- czynniki ryzyka zależne od systemu organizacji opieki w szpitalu (niewłaściwe stosowanie inwazyjnych procedur diagnostycznych, brak właściwej polityki lekowej, nieprawidłowa dezynfekcja i sterylizacja, brak nadzoru nad jakością udzielanych świadczeń, niesprawny sprzęt medyczny, przepełnienie oddziałów);
- zdarzenia i sytuacje nadzwyczajne (kataklizmy, strajki, awarie)