Najważniejszym elementem w procesie prawidłowej kontroli zakażeń szpitalnych jest przede wszystkim właściwy system ich rejestracji. Obecnie możemy wyróżnić dwa główne systemy
- bierny – wprowadzony w 1997 roku i polegający na zbieraniu informacji przez lekarzy prowadzących chorych;
- czynny – wprowadzony w 2001 roku, oparty na codziennym wykrywaniu, kwalifikacji i rejestracji zakażeń przez pielęgniarkę epidemiologiczną oraz na okresowej analizie danych zebranych przez zespół kontroli zakażeń (monitorowanie stanów gorączkowych, wyniki badań mikrobiologicznych, wyniki badań radiologicznych, wyniki badań immunologicznych, historie choroby, zgłoszenia przekazywane przez lekarzy i pielęgniarki)
W kontroli istotny element stanowi również odpowiedni nadzór mikrobiologiczny, polegający na systematycznym zbieraniu, analizie i interpretacji danych dotyczących czynników etiologicznych zakażeń i ich wrażliwości na antybiotyki. Umożliwia on rozpoznanie udziału poszczególnych czynników w wybranej formie klinicznej zakażenia oraz prześledzenie zmian w lekooporności czynników etiologicznych zakażeń.