Zakażenia szpitalne można podzielić ze względu na:
- czas wystąpienia (zakażenia wczesne – rozwijające się w pierwszym tygodniu pobytu w szpitalu; zakażenia późne – rozwijające się po siedmiu dobach w szpitalu)
- źródło zakażenia (endogenne – spowodowane przez florę własną pacjenta; egzogenne – wywołane przez drobnoustroje nabyte ze środowiska szpitalnego; niesklasyfikowane – np. okołoporodowe, wewnątrzmaciczne);
- postać i lokalizację (miejscowe – np. zakażenia skóry, powierzchowne zakażenia miejsca operowanego; układowe – np. układu moczowego, zapalenie płuc; uogólnione – np. posocznica, wstrząs septyczny).